Era Sir Alex Ferguson

Alex Ferguson tiba dari Aberdeen untuk menggantikan tempat Atkinson dan memimpin kelab untuk menghabiskan liga di tempat ke-11. Pada musim berikutnya (1987-88), United menghabiskan liga di tempat kedua, dengan Brian McClair menjadi pemain United pertama selepas George Best untuk menjaringkan dua puluh gol dari pada liga dalam satu musim.
Walau bagaimanapun, United terpaksa berhempas pulas sepanjang dua musim berikutnya, dengan kebanyakan pemain baru Ferguson tidak mencapai jangkaan peminat. Alex Ferguson telah banyak kali dilaporkan hampir dipecat ketika awal tahun 1990 tetapi gol Mark Robins memberikan kemenangan tipis kepada United pada pusingan ketiga Piala FA mengatasi Nottingham Forest, yang mana ramai menganggapnya sebagai kemenangan yang menyelamatkan karier Ferguson. United telah mara untuk memenangi pertandingan tersebut, mengalahkan Crystal Palace pada final ulangan.
United memenangi Piala Juara-Juara Eropah pada 1990-91, mengalahkan juara Sepanyol tahun tersebut, Barcelona dalam aksi final pertandingan, tetapi mengecewakan buat United pada musim berikutnya selepas United disingkirkan oleh Leeds United akibat kemerosotan. Pada masa yang sama, dalam tahun 1991, nilai kelab telah meningkat di Bursa Saham London dengan nilai sebanyak £47 juta^[5], memperlihatkan kewangannya ke pada umum.
Ketibaan Éric Cantona pada November 1992 telah memberikan sinar penting kepada United, dan diadun bersama dengan kebolehan terbaik yang dimiliki oleh Gary Pallister, Denis Irwin dan Paul Ince, bersama-sama bintang yang meningkat naik seperti Ryan Giggs, mereka menamatkan musim 1992-93 sebagai juara buat kali pertama semenjak 1967. Mereka memenangi "dua kejuaraan" (liga Inggeris dan Piala FA) untuk kali pertama pada musim berikutnya, dibantu dengan kemasukan Roy Keane, pemain tengah yang gigih dari Nottingham Forest, yang mana akan menjadi kapten kelab. Walau bagaimanapun pada tahun yang sama, kelab ini telah berdukacita berikutan dengan kematian pengurus legenda dan presiden kelab Matt Busby, yang telah kembali pada 20 Januari 1994.
Pada musim 1994-95, Cantona telah menerima penggantungan selama lapan bulan kerana telah melompat ke tempat orang ramai dan menyerang Matthew Simmons, seorang penyokong Crystal Palace, dalam perlawanan United di Selhurst Park. Seri pada perlawanan terakhir liga dan kalah kepada Everton didalam perlawanan akhir Piala FA menjadikan United sebagai naib juara di kedua-dua, liga dan Piala FA. Ferguson selepas itu telah membuat perubahan yang mengejutkan penyokong kelab dengan menjual pemain utama dan menggantikan mereka dengan pemain dari pasukan belia, termasuk David Beckham, Gary Neville, Phil Neville dan Paul Scholes. Pemain-pemain baru ini, sebahagiannya terus menjadi pemain pasukan kebangsaan England, melakukannya dengan baik dan membolehkan United memenangi dua kejuaraan sekali lagi pada musim 1995-96. Ini merupakan kali pertama sebuah kelab Inggeris memenangi dua kejuaraan sebanyak dua kali. ^[6]
Rekod tanpa kalah Eropah United telah dipecahkan oleh Fenerbahçe, yang memenangi 1-0 di Old Trafford pada 30 Oktober 1996 dengan gol Elvir Bolić yang membias.
Mereka memenangi liga pada tahun 1997, dan Éric Cantona telah mengumumkan persaraan beliau dari bola sepak pada umur 30. Mereka telah memulakan musim (1997-98) dengan baik, tetapi mereka hanya berjaya menamatkan liga di tempat kedua pada musim tersebut, di belakang pemenang dwi-kejuaraan Arsenal.